Folytatódnak a LEGO Batman-széria izgalmas kalandjai, miközben főhősünkre egy minden eddiginél veszélyesebb feladat vár, miután Brainiac, avagy a DC-univerzum egyik legismertebb gonosztevője elhatározza, hogy világuralomra tör, mindehhez pedig olyan erőket hív segítségül, amelyekkel szemben a szuperhősök hatalma már nem elég.

A Denevérember oldalán így az lesz a feladatunk a LEGO Batman 3 Beyond Gothamben, hogy szövetségre lépjünk eddigi ellenfeleinkkel, és egy a szuperhősöket, valamint antihősöket magába tömörítő hadsereggel vessünk véget Brainiac ámokfutásának. Utunk során a jól ismert játékmenet fogad minket, amelyben a móka és a kacagás mellett rengeteg harc, logikai és ügyességi fejtörő, valamint sok-sok gyűjtögetés vár ránk, miközben olyan ismert helyszíneket fedezhetünk fel, mint Batman barlangja vagy az Igazság Ligájának tornya.