New York városát egy hatalmas Nanobúra választja el a külvilágtól, melynek célja a tökéletes elszigeteltség megteremtése. Ennek hatására az egykori betondzsungel hanyatlásnak indul, s egyre inkább trópusi környezetté alakul, ahogy a természet visszaveszi az uralmat.
A kupolán belül hét különféle táj keletkezik, melyek mindegyike egyedi környezeti adottsággal bír. Ez a kiindulópontja a Crysis 3 sandbox játékmenetének, melyben Prophet feladata lesz a hét csoda alapos felderítése kincseivel és veszélyeivel együtt. 

A változatos, szabadon bejárható tájat a CryEngine 3 legfrissebb verziója kelti életre, így a CELL és az idegen lények elleni küzdelem mindennél realisztikusabb és elbűvölőbb képet fest, az új fegyverekről, köztük az ikonikus íjról nem is beszélve.
A Crytek elképesztő grafikus motorja, a CryEngine 3 korábban már bizonyított Xbox 360-on is, most azonban továbbfejlesztett effektekkel és konzolon ritkán tapasztalt minőségben kelti életre a New York romjai között zajló háborút.